Gli alpeggi coinvolti nella filiera Fontina sono circa 200

 Si tratta di insediamenti zootecnici situati ad un'altezza compresa tra i 1800-2300 s.l.m. m in cui gli animali vengono alimentati sfruttando i pascoli ricchissimi di essenze foraggere profumate che conferiscono al latte una vasta gamma di aromi caratteristici.
In alpeggio la vita scorre lenta, cadenzata dai ritmi sollecitati dagli animali. Sveglia alle 3, segue la mungitura che normalmente termina verso le 7. Mentre gli animali vengono guidati al pascolo il casaro inizia a lavorare il latte che verrà trasformato in Fontina e, a seconda della procedura utilizzata, in altri prodotti secondari come burro, ricotta, brossa, o primo sale. Verso mezzogiorno gli animali rientrano nei ricoveri dove riposano fino alle 16 quando inizierà la mungitura del pomeriggio. La mungitura della sera si protrae normalmente fino alle 19 in seguito alle quali la mandria viene condotta nuovamente al pascolo e il casaro si dedicherà alla lavorazione del latte.
Il pascolo della sera generalmente viene effettuato più vicino alla stalla rispetto al mattino poiché il tempo a disposizione è minore. Verso le 21 gli animali sono di nuovo in stalla e gli addetti ai lavori finalmente concludono la giornata lavorativa.
La fontina prodotta in alpeggio presenta indubbiamente delle caratteristiche organolettiche di grande pregio legate alla complessità dei flavour che derivano dalle componenti aromatiche presenti nei pascoli e veicolate nel latte.
Studi recenti hanno approfondito la componente dei grassi della Fontina di alpeggio che, pur essendo un prodotto di origine animale, presenta un elevata percentuale di grassi insaturi, ai quali negli ultimi anni sono state attribuite importantissime caratteristiche nutrizionali. Tali molecole vengono sintetizzate direttamente dal ruminante grazie ai precursori introdotti con la dieta costitutiva appunto dai pregiati pascoli di alta montagna. L'utilizzo delle aree montane oltre a consentire la produzione di un prodotto unico, favorisce il mantenimento del territorio.
La presenza dell'uomo in montagna è di fondamentale importanza per i torrenti, creare i canali per l'irrigazione, ripristinare le zone di pascolo e limitare così il rimboschimento. Questi sono solo alcuni esempi che evidenziano come il binomio ambiente-zootecnica sia importante per l'economia delle aree montane.